Det kan gjelde en hofte, et kne, en ankel eller kanskje en skulder. Implantatet i leddet skal gjøre livet enklere for pasienten. Men så får bakterier, ofte gule stafylokokker, innpass – og pasienten ender opp med en infeksjon som i verste fall kan være dødelig. Det skjer ikke ofte - men det skjer - og her er det Hege Vangstein Aamot kommer inn i bildet.
- Per i dag tar det alt fra tre og en halv til fem dager før alle analyseresultatene er klare. Vårt mål er å kunne gi ut svar samme dag slik at pasienten kan få målrettet behandling i stedet for bredspektret antibiotika. Riktig bruk av antibiotika begrenser som kjent utvikling av antibiotikaresistens, sier hun.
Takknemlig
Det er ikke mange forskere som er forunt en fast stilling tidlig i karrieren. De fleste går over i midlertidige postdoktorstillinger. Aamot fikk jobb som forsker ved Avdeling for klinisk molekylærbiologi (Epigen) på Ahus i 2008 som 33-åring, og fast stilling ved Avdeling for mikrobiologi og smittevern ved samme sykehus i 2012.
- Jeg er takknemlig. Jeg vet jo at mange sliter med å få faste forskerstillinger.
Det var slett ikke gitt at mikrobiologi skulle bli fagområdet hennes. Etter bioingeniørbacheloren i 1998, fikk hun jobb på Seksjon for kreftcytogenetikk på Radiumhospitalet. Det var mens hun jobbet der at hun tok både master- og doktorgrad.
- Hadde du allerede som student et langsiktig mål om å bli forsker?
- Absolutt ikke. Etter videregående tenkte jeg tvert imot at jeg i hvert fall ikke skulle bli forsker eller lærer. Nå er jeg begge deler og trives veldig godt med det. Jeg underviser innimellom på OsloMet, blant annet bioingeniører som skal ta masterutdanning, sier Aamot.
Tilfeldig forskerkarriere
Det var en «åpen dag» på videregående der ulike utdanninger og profesjoner presenterte seg, som gjorde susen. Informasjonen elevene fikk fra bioingeniørene var midt i blinken for unge Aamot, som allerede da var interessert i humanbiologi.
- Jeg hadde vel en plan allerede fra starten om å ta hovedfag, som det het da, men at jeg etter hvert skulle bli forsker, var tilfeldig. Jeg fikk jobb på Radiumhospitalet i en avdeling der det ble forsket mye - og jeg fikk mulighet til å gjøre både hovedfags- og doktorgradsoppgaven der.
Etter sceneskiftet i 2008 – fra kreftforskning til mikrobiologi – har Aamot stort sett forsket på molekylær epidemiologi og molekylære teknikker for å påvise bakterier og bakterienes genetiske egenskaper.
- Jeg har vært med på mange smitteoppsporinger. Spesielt ved utbrudd av antibiotikaresistente bakterier. En viktig del av dette arbeidet har vært å implementere nye genotypingsmetoder.
Men i disse dager er det altså nanopore-sekvensering som tar det meste av tiden hennes. Det er en tredje generasjons sekvensering, den nyeste, og den er raskere enn tidligere generasjoner.
- Og så lager den lange sekvenser som er lettere å sette sammen. Sekvensdataene kan analyseres med en gang – der og da, forklarer Aamot.
Positive resultater
Implantatprosjektet, som er finansiert av Helse Sør-Øst, baserer seg på nettopp nanopore-sekvensering. Metoden skal hjelpe laboratoriet med å levere svarene raskt. Aamot forteller at hun og medarbeiderne har «samlet pasienter» i to år. De har sekvensert biopsier (fem fra hver pasient) fra samme materiale som rutinemessig er blitt dyrket og resistensbestemt. 32 pasienter er inkludert i studien.
- Vi påviser det samme som påvises ved dyrkning. Aberet er at det er tungvint å sekvensere fem biopsier fra hver pasient. Vi er derfor i gang med et nytt prosjekt der vi bruker aspirat i stedet for biopsi. Vi skal sjekke om det holder med én prøve.
Bortsett fra at metoden med sine fem biopsier er tungvint, er implantatprosjektet stort sett en suksess (bortsett fra noen utfordringer med antibiotikaresistensgener). Svaret er like sikkert som dyrking, det kan gis ut samme dag som prøven tas – dermed får pasientene riktigere behandling raskere.
- Blir dette en del av rutinerepertoaret på «baktlab» nå?
- Ikke foreløpig. Det er fremdeles for dyrt – og metoden må optimaliseres enda mer. Men i framtida vil nok rutinelaboratoriet innføre nanopore-sekvensering ved implantatinfeksjoner, i hvert fall på en del av pasientene. Metoden er også aktuell for rutinen ved utbrudd av MRSA, ESBL - og SARS-CoV-2.
En sluttet ring?
For nanopore-teknologien kan brukes til langt mer enn identifisering av implantatbakterier. Den har allerede spilt en sentral rolle i koronasmitteoppsporingen på Ahus. Der er den brukt på lokale utbrudd på sykehuset - for raskest mulig smitteoppsporing.
- Vi har sekvensert for å se på enkeltmutasjoner. Hvis vi finner personer med virus som er helt like - og som hatt mulighet til å smitte hverandre, kan vi regne med at de har gjort det. Er de ulike, har de ikke det, sier Aamot.
Hun forteller at av fem mistenkte utbrudd på Ahus ble to bekreftet, ett ble avkreftet og to var usikre.
- Vi kan spesielt bruke dette til å avkrefte slektskap mellom virus. Da må de som driver med smitteoppsporing lete andre steder.
- Hva gjør du om fem – ti år? Har du et drømmeforskningsprosjekt?
- Jeg kommer forhåpentligvis til å forske på nanopore-sekvensering i mange år. Jeg skal blant annet teste metoden på flere prøvematerialer. Det ligger en søknad inne hos Helse Sør-Øst om penger til det. Jeg er også begynt å snuse litt på infeksjonssykdommer hos kreftpasienter. Får jeg til det, vil ringen være sluttet, sier Hege Vangstein Aamot.
